Introduktion

Att ha en kontinuerlig övervakning av en viral patogen är avgörande för att kunna minimera den specifika patogenens påverkan på samhället. Utan övervakning saknas information om en viss patogen förekommer i ett geografiskt området, om nya stammar har skapats eller om det finns risk för utbrott.

Under hela COVID-19 pandemin och fram till idag har Sektionen för klinisk mikrobiologi och sjukhushygien vid Akademiska sjukhuset i Uppsala genomfört övervakning av SARS-CoV-2 i Uppsala. De har kört helgenomsekvensering av prover från SARS-CoV-2-positiva patienter i Uppsalaregionen. Under hela covid-19-pandemin sekvenserade de över 12 000 prover från Uppsala. Forskarna är del av nätverket för Pandemisk Laboratorie Beredskap.

Denna dashboard innehåller två visualiseringar av data från Sektionen för klinisk mikrobiologi och sjukhushygien vid Akademiska sjukhuset i Uppsala. Sidan innehåller även kontaktuppgifter till forskarna som delar dessa data samt länkar till relevanta publikationer.

Data på denna dashboard ska uppdateras varje månad.

SARS-CoV-2 sekvenser Visualiseringar

Sekvenserna presenteras enligt World Health Organisation (WHO) system (en grekisk bokstav) och/eller deras Pangolinje. Pangolinjen bestäms med hjälp av Pangolin, Nextclade och ett internt annotationsbaserat arbetsflöde för mutationsanalys.

Nya sekvenser med Pangolinje

In denna sektion finner du två diagram som båda visar andel identifierade sekvenser (i procent) som tillhörde en viss genetisk grupp enligt pangolin i en viss vecka. Diagrammen visar på olika nivåer av granularitet i sekvensklassificeringen. Det första diagrammet visar den mest detaljerade nivån och dessa data finns tillgängliga från oktober 2023 och framåt. Det andra har en något lägre granularitetsnivå och visar data från januari 2023 och framåt. Datumet som anges är alltid måndagen i den aktuella veckan. Diagrammen innehåller flera dynamiska funktioner vilket gör det möjligt att fokusera på vissa delmängder av data i diagrammet.

Använd knapparna längst upp till vänster i respektive diagram för att endast se data från de senaste 16 veckorna (knappen ‘Last 16 weeks’), eller att visa alla data från januari/oktober 2023 (knappen ‘Data since jan 2023’ eller ‘Data since oct 2023’). Använd knapparna ‘Deselect all lineages’ för att rensa bort data från alla sekvenser. Det är även möjligt att endast visa specifika sekvensgenom att klicka på dessa i teckenförklaringen. Du kan använda knapparna ’Select all lineages’ för att visa data från alla virusstammar. Diagrammen har även andra interaktiva funktioner, exempelvis är det möjligt att fokusera på en viss del av diagrammet. När du för muspekaren över diagrammet visas flera alternativ i högra hörnet: zooma, ladda ner som en .png-fil eller återställa axlarna till den ursprungliga vyn.

Källkod som används för att skapa grafen: Källkod som används för att skapa grafen.

Källkod som används för att skapa grafen: Källkod som används för att skapa grafen.

Alla sekvenser med WHO-märkning/Pangolinje)

Diagrammet nedan visar hur många procent av sekvenserna som varje vecka som tillhörde en viss viruslinje. Datumet anges som måndagen i veckan proverna samlades in. Diagrammet visar alla data som samlats in sedan 2021.

Använd knappen ‘Deselect all lineages’ för att rensa bort data från alla linjer från diagrammet. Det är sedan möjligt att visa endast vissa linjer genom att klicka på dem i teckenförklaringen. Du kan använda knappen ’Select all lineages’ för att visa data från alla linjer. Grafen har också många andra interaktiva funktioner. Det är t.ex. möjligt att klicka och dra för att fokusera på en viss del av grafen. När du för muspekaren över diagrammet visas alternativ uppe till höger för att t.ex. zooma, ladda ner som en .png-fil eller återställa axlarna till den ursprungliga vyn.

Källkod som används för att skapa grafen: Källkod som används för att skapa grafen.

Kommentarer från forskargruppen

Kontaktinformation

Jonathan Haars, laboratorieingenjör och doktorand vid Akademiska sjukhuset och Uppsala universitet. (jonathan.haars@akademiska.se)

René Kaden, mikrobiolog och forskare vid Akademiska sjukhuset och Uppsala universitet. (rene.kaden@akademiska.se)

Publikationer

Cumlin, T., Karlsson, I., Haars, J., Rosengren, M., Lennerstrand, J., Pimushyna, M., Feuk, L., Ladenvall, C., Kaden, R. (2024). SARS-CoV-2 to Global Preparedness: A Graphical Interface for Standardised High-Throughput Bioinformatics Analysis in Pandemic Scenarios and Surveillance of Drug Resistance. Int. J. Mol. Sci., 25, 6645. DOI: 10.3390/ijms25126645.

Haars, J., Palanisamy, N., Wallin, F., Mölling, P., Lindh, J., Sundqvist, M., Ellström, P., Kaden, R., Lennerstrand, J. (2023). Prevalence of SARS-CoV-2 Omicron Sublineages and Spike Protein Mutations Conferring Resistance against Monoclonal Antibodies in a Swedish Cohort during 2022–2023. Microorganisms, 11, 2417. DOI: 10.3390/microorganisms11102417.

Mannsverk, S., Bergholm, J., Palanisamy, N., Ellström, P., Kaden, R., Lindh, J., Lennerstrand, J. (2022). SARS-CoV-2 variants of concern and spike protein mutational dynamics in a Swedish cohort during 2021, studied by Nanopore sequencing. Virology Journal, 19, 164. DOI: 10.1186/s12985-022-01896-x.

Martinell, M., Andersson, T., Mannsverk, S., Bergholm, J., Ellström, P., Hill, A., Lindh, J., Kaden, R. (2022). In-Flight Transmission of a SARS-CoV-2 Lineage B.1.617.2 Harbouring the Rare S:E484Q Immune Escape Mutation. Viruses, 14, 504. DOI: 10.3390/v14030504.